Проводимые сотрудниками университета фундаментальные и прикладные научные исследования сформировали 11научных школ по 16 направлениям в медицине, биологии, фармации. 

        Руководителями ведущих в настоящее время научно-практических школ и направлений являются: профессор В.М. Покровский, член-корреспондент РАМН профессор П.А. Галенко-Ярошевский, член-корреспондент РАМН профессор А.Т. Быков, профессор В.А. Порханов, профессор И.М. Быков, профессор Б.А. Войцехович, профессор В.В. Скибицкий, профессор О.К. Федорович, профессор В.Г. Косенко, профессор И.Б. Заболотских, профессор В.В. Лебедев, профессор В.И. Голубцов, профессор А.М. Сампиев, профессор Ф.В. Семенов, профессор А.Х. Каде, профессор Э.А. Петросян, профессор Т.Н. Литвинова и другие.

        Ведутся изыскания в области нанотехнологий по 9 научным направлениям в рамках Федеральной целевой программы «Развитие инфраструктуры наноиндустрии в Российской Федерации на 2008–2010 годы». Только за последние пять лет сотрудниками университета издано 13 учебников, 53 монографии, 21 сборник научных трудов, опубликована 4651 научная работа, проведено 376 конференций, из них международных — 12, всероссийских — 36, получен 71 патент, внедрено свыше 300 методов диагностики, лечения и профилактики, защищены 44 докторские и 274 кандидатские диссертации.

        Университет ведет подготовку научно-педагогических кадров высшей квалификации (аспирантура, докторантура) по 39 научным специальностям. В перспективной программе развития научно - исследовательской деятельности университета, особое внимание уделяется формированию стратегии сохранения и укрепления здоровья населения Кубани, разработке научных основ борьбы с наиболее распространенными заболеваниями.