Одним из главных направлений научной деятельности университета являются разработки в области регенеративной медицины, выполняемыми исследователями Лаборатории фундаментальных исследований в области регенеративной медицины в рамках проекта «Клеточные механизмы регенерации интраторакальных органов и тканей. Разработка тканеинженерных конструкций с использованием биологических и синтетических каркасов». Научный коллектив совершил ряд существенных достижений в области ведения различных клеточных линий, повышения качества децеллюляризации при получении биологических каркасов, а также разработал успешные технологии гетеро- и ортотопических трансплантаций тканеинженерных конструкций на моделях животных. В 2017 году сотрудникам лаборатории была вручена памятная медаль В.П. Демихова в знак признания выдающихся заслуг в области тканевой инженерии, создания искусственных органов и трансплантологии.
Инновационные исследования по разработке молекулярных основ генной диагностики проводятся в Молекулярно-генетической лаборатории, введенной в эксплуатацию в 2012 году. Основная научная деятельность лаборатории ориентирована на фундаментальные изыскания по медицинской генетике, включая проблемы распространения, этиологии и патогенеза мультифакториальных заболеваний. Еще одним перспективным направлением является изучение генетической изменчивости народонаселения мира, в частности, исследование структуры генофонда Западного Кавказа по данным о различных типах генетических маркеров. По этой тематике под руководством профессора кафедры биологии с курсом медицинской генетики Э.А. Почешховой в 2016-2018 гг. успешно выполнялся грант РФФИ «Острые фундаментальные проблемы истории народонаселения Кавказа: полногеномные ответы генетики» в области знаний «Естественнонаучные методы исследований в гуманитарных науках». Профессор Э.А. Почешхова является автором публикаций в высокорейтинговых зарубежных изданиях (Genome Research, PLoS ONE, Human Genetics), а в 2016 году вошла в число соавторов научной статьи, опубликованной в одном из самых престижных в мире журнале Nature, имеющем импакт-фактор более 40.
В 2019 году заведующий кафедрой анестезиологии, реаниматологии и трансфузиологии ФПК и ППС профессор И.Б. Заболотских стал соавтором научной статьи (первым соавтором является Жан-Луи Винсент – экс-президент Всемирной федерации обществ интенсивной и критической медицины), опубликованной в JAMA – международном медицинском научном журнале, издаваемом American Medical Association (США) с 1883 года. И.Б. Заболотских, являющийся руководителем научного направления по упреждению развития осложнений в анестезиологии и реаниматологии на основе внедрения новейших достижений медицины, в 2017 году был назначен вице-президентом Федерации анестезиологов и реаниматологов Российской Федерации.
В рамках научных интересов университета осуществляются разработки по разным направлениям, включая вопросы современных подходов в лечении онкологической патологии (руководитель – академик РАН проф. В.А. Порханов), поиска кардио-, нейро- и дерматотропных веществ среди гетероциклических соединений и препаратов метаболического типа действия (руководитель – чл.-корр. РАН проф. П.А. Галенко-Ярошевский), восстановительной медицины и экологии человека (руководитель – чл.-корр. РАН проф. А.Т. Быков), инновационных подходов в области профилактики заболеваний и формирования здорового образа жизни (руководитель – д.м.н. С.Н. Алексеенко), организационно-экономических основ совершенствования медицинской помощи на региональном уровне (руководитель – проф. А.Н. Редько), молекулярных механизмов регуляции пищеварительных и окислительных процессов в организме (руководитель – проф. И.М. Быков), упреждения развития осложнений в анестезиологии и реаниматологии (руководитель – проф. И.Б. Заболотских), репродуктивного здоровья семьи, как интегральному показателю улучшения демографической ситуации в Краснодарском крае (руководители – проф. Г.А. Пенжоян, д.м.н. В.А. Крутова, проф. И.И. Куценко), лучевой диагностики в гинекологии (руководитель – проф. А.В. Поморцев), клинико-патогенетических аспектов и оптимизации терапии лептоспироза (руководитель – проф. В.Н. Городин), современных аспектов диагностики и хирургического лечения заболеваний сердца и сосудов (руководитель – проф. К.О. Барбухатти), иммунологических и церебральных аспектов различных патологических состояний в педиатрии (руководитель – проф. Е.И. Клещенко), хирургической гастроэнтерологии (руководитель – проф. В.М. Дурлештер), формирования ритма сердца в целостном организме (руководитель – проф. В.М. Покровский), лечения и реабилитации больных с воспалительными заболеваниями и травмами челюстно-лицевой области (руководитель – проф. Т.В. Гайворонская), клинико-психологических особенностей суицидогенеза (руководитель – проф. Е.О. Бойко), клинических и психо-социальных аспектов психической патологии у жителей Краснодарского края (руководитель – проф. В.Г. Косенко), диагностики и лечения сердечно-сосудистых заболеваний (руководители – проф. В.В. Скибицкий, доц. Е.Д. Космачева, проф. С.Г. Канорский), коморбидности в терапевтической практике (руководитель – проф. Л.Н. Елисеева) и др.
Для выполнения медико-биологических экспериментов в университете успешно функционирует современный учебно-производственный отдел (виварий) общей площадью 300 м2 для содержания лабораторных животных, поступающих из сертифицированных питомников. Операционный блок вивария, оснащенный наркозно-дыхательным аппаратом и новейшим лапароскопическим оборудованием, полностью соответствует международным санитарно-эпидемиологическим требованиям к содержанию экспериментально-биологических клиник.
Повышение конкурентоспособности и качества научных разработок диктует необходимость сотрудничества университета с научными лабораториями и центрами сторонних организаций. Изучение влияния различных синтетических материалов на взаимодействие с живыми клетками в качестве поиска основы синтетических каркасов биоинженерных органов и создание 3D модели синтетических каркасов проводится в коллаборации со специалистами Лаборатории полимерных материалов Научно-исследовательского центра «Курчатовский Институт» (Москва). Создание тканеинженерной конструкции пищевода на приматах выполняется в тесном сотрудничестве с федеральным государственным бюджетным научным учреждением «Научно-исследовательский институт медицинской приматологии» (Сочи). Реализация совместного проекта по получению тканеинженерной конструкции кожи на модели крупного лабораторного животного (свинья) осуществляется по договору о сотрудничестве с федеральным государственным бюджетным учреждением «Приволжский федеральный медицинский исследовательский центр» Министерства здравоохранения Российской Федерации (Нижний Новгород). Разработка и проведение доклинических и клинических исследований лекарственных препаратов и изделий медицинского назначения проводятся в соответствии с договором о сотрудничестве с федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего образования «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Министерства здравоохранения Российской Федерации (Москва).
С целью укрепления и модернизации материально-технической базы современным технологическим и лабораторным оборудованием в университете внедряется грантовое финансирование научных разработок.
В 2011-2015 гг. выполнялся грант Правительства Российской Федерации «Исследование молекулярных механизмов и основных направлений развития новых подходов в области регенеративной медицины и создание легочной ткани и тканей дыхательных путей для клинического применения», объем финансирования которого только за первые два года составил 150 млн. рублей. Целью данного проекта послужила разработка новых подходов к тканевой инженерии и клеточной терапии для регенерации дыхательных путей и легочной ткани. В рамках решения образовательных задач проводилось обучение молодых ученых университета основам клеточных технологий и регенеративной медицины на базе ведущих европейских лабораторий и клиник.
В 2017 году университет принял участие во Всероссийском полномасштабном эпидемиологическом исследовании – «Эпидемиология сердечно-сосудистых заболеваний в регионах Российской Федерации» (ЭССЕ-РФ) (руководитель – проф. А.Н. Редько) с объемом финансирования 4 млн. руб. в год. В 2019 году в университете продолжилось выполнение ЭССЕ-РФ.
В 2019-2021 годах выполнялись более 15 грантов по программе «У.М.Н.И.К.» Фонда содействия инновациям, целью которой является стимулирование участия молодежи в научно-технической и инновационной деятельности путем организационной и финансовой поддержки инновационных проектов.
В 2018 году сотрудники университета завершили выполнение 4-х научных проектов, поддержанных Российским фондом фундаментальных исследований (РФФИ) в результате победы в конкурсе фундаментальных научных исследований (код «а»), региональном конкурсе проектов фундаментальных исследований (код «р_а»), конкурсе для проектов фундаментальных научных исследований, выполняемых молодыми учеными – докторами или кандидатами наук, в научных организациях Российской Федерации в 2016-2018 годах (код «мол_а_дк»), региональном конкурсе в области гуманитарных наук «Северный Кавказ: традиции и современность»: