В этом году решением СНК СССР библиотека мединститута была включена в число библиотек, получающих обязательный экземпляр по медицине и пограничным наукам. Регулярные издания трудов Кубанского медицинского института дали возможность развивать книгообменную сеть библиотеки. В обмен на издания института из крупнейших медицинских учреждений стран мира (Англии, Франции, Японии, Китая и др.) библиотека получала книги и журналы.
Ценным приобретением для библиотеки стал полный комплект диссертаций в количестве 2500 экземпляров, подаренный С.Г. Тер-Оганян во время ее научной командировки в Ленинград Военно-Медицинской Академией. Также были преданы в дар библиотеки труды Пирогова, Боткина, Сеченова и других ученых, недостающие экземпляры российских так и иностранных медицинских научных журналов за ряд лет в количестве 879 экземпляров.
Особая страница в истории библиотеки – годы Великой Отечественной войны. Библиотека быстро перестроила свою работу, приступив к широкой библиографической разработке актуальных тем по вопросам военной медицины. Срочно делались переводы и рефераты из иностранных журналов. По заявкам научных сотрудников и военных врачей города составлялись библиографические списки, и подбиралась литература для их докладов и работ. Многие врачи местных эвакогоспиталей были постоянными читателями библиотеки.
Приказом директор института А.Н. Мотненко обязал заведующего библиотекой С.Г. Тер-Оганян не эвакуироваться, а остаться в Краснодаре на время оккупации хранителем библиотеки. Библиотека находилась под постоянным контролем немцев. Оккупантами был издан приказ: за вынос книг – смерть; хранить только медицинскую литературу, общественно – политическую уничтожить. Два раза в неделю наведывался сотрудник штаба Розенберга, и каждый раз после его посещения исчезали уникальные книги из отдела иностранной литературы. Софья Георгиевна делала что могла: прятала наиболее ценные издания, убирала карточки из каталогов. Но кроме институтской библиотеки ее беспокоила судьба личных библиотек ученых и преподавателей института, находящихся в эвакуации. Эта маленькая, хрупкая женщина спасла от гибели специальную медицинскую литературу, дневники, научные труды профессоров С.В. Очаповского, П.П. Авророва, ассистентов А.П. Морозова, Н.Д. Сабельникова других. Рискуя жизнью, она вывезла из оставленных ими квартир все ценные книги и бумаги и все это сохранила.
С первых дней освобождения Краснодара, в феврале 1943г., библиотека широко распахнула свои двери. Первыми посетителями ее были военные врачи фронтовых частей и госпиталей. Каждому из них хотелось снова углубиться в чтение и найти ответы на волнующие их вопросы.
Наличие фундаментальной библиотеки, при полном разгроме немцами всего института, дало возможность открыть в марте 1943 года в Краснодаре отделение Кубанского медицинского института.
Значимость и ценность библиотеки еще более возросли в связи с уничтожением немецкими захватчиками многих медицинских институтов. По распоряжению МЗ РСФСР библиотека в порядке взаимопомощи передала огромное количество учебной и научной литературы пострадавшим библиотекам: Курского, Ростовского, Крымского, Сталинградского, Северо-Осетинского и Ижевского мединститутов.
В послевоенное время, большую помощь в комплектовании фонда библиотеки оказывали врачи города и края. Профессор К. С. Керопиан передал в дар библиотеке ценные издания по хирургии. В дар институту была передана библиотека известного краснодарского врача, первого руководителя городской больницы И.Я. Мееровича в количестве 500 экземпляров.
С сентября 1948 по 1951 г.г. заведовала библиотекой Л.А. Шимкевич, а в июне 1951г. она передала заведование М.Г. Сень, которая проработала в этой должности до января 1966г. С февраля 1966г. библиотекой заведовала Ратушная В.Г., а в 1982 она ушла на пенсию. С 1982 по март 2010 г. заведующей библиотекой была В. П. Анищук.