Образовательная деятельность Кубанского государственного медицинского университета осуществляется по 5 программам высшего образования — программам специалитета: 31.05.01 Лечебное дело, 31.05.02 Педиатрия, 31.05.03 Стоматология, 32.05.01 Медико-профилактическое дело, 33.05.01 Фармация; программам высшего образования — 44 специальностей ординатуры; программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре — 4 направлений подготовки, а также по программам дополнительного образования в соответствии с лицензией на право осуществления образовательной деятельности: серия 90Л01 №0009481, регистрационный №2407, дата выдачи: 26 сентября 2016 года.
В рамках программ академической мобильности образовательный процесс студентов КубГМУ проходит при участии иностранных преподавателей на площадках зарубежных вузов.
Вузом определена основная задача образовательной деятельности — формирование целостной модели личности врача.
Выполняя государственное задание по подготовке специалистов с высшим образованием, Кубанский государственный медицинский университет обучает студентов по целевому набору из субъектов Российской Федерации: Краснодарского края, Республики Адыгея, Чеченской Республики, Республики Ингушетия, Карачаево-Черкесской Республики, Республики Калмыкия, Республика Крым, город Севастополь.
Среди выпускников университета – руководители национальных систем здравоохранения районных и городских больниц, медицинских учебных заведений. Базами клинических кафедр университета являются все ведущие медицинские учреждения города и края.
Внедрена и функционирует система менеджмента качества. Создан и развивается Центр практических навыков КубГМУ. Успешно функционирует рейтинговая система контроля знаний студентов, успешно проводится первичная аккредитация специалистов.
Создана и продолжает развиваться методическая база обеспечения учебно-воспитательного процесса. Ежегодно проводятся учебные и учебно-методические конференции.
Координацию работы профессорско-преподавательского коллектива Кубанского государственного медицинского университета в целях обеспечения повышения качества медицинского и фармацевтического образования студентов, интеграции гуманитарной и профессиональной подготовки осуществляет Центральный методический совет ФГБОУ ВО КубГМУ Минздрава России.
Вузом ежегодно проводится большое количество физкультурно-оздоровительных, культурно-развлекательных мероприятий, направленных на формирование здорового образа жизни у обучающихся.
Система образования в вузе открыта инновационным образовательным программам, методам обучения и современным научным исследованиям.
Опорной базой учебно-педагогического и научного процесса по подготовке специалистов-медиков является научная библиотека университета. В ее фондах содержится более 500 тысяч печатных изданий. Научная литература составляет 312606, учебная – 157270 экземпляров. В настоящее время в библиотеке работает автоматизированная информационно-библиотечная система, отвечающая всем международным требованиям и обладающая высокой скоростью выполнения поисковых запросов различной сложности. Электронный каталог на 10000 единиц хранения позволяет осуществлять быстрый поиск необходимой литературы в режиме удаленного доступа.
Широко используются новые информационные технологии в учебном процессе. Важная роль в этой работе отводится университетскому образовательному порталу дистанционного обучения, позволившему создать единую информационно-образовательную среду (http://eios.ksma.ru) включающую в себя личный кабинет и портфолио обучающегося. Эта цифровая учебная платформа и накопленный опыт позволили в короткие сроки перевести обучение студентов и врачей-курсантов в дистанционный режим в период пандемии коронавируса в 2020 году.