Кафедра гистологии с эмбриологией начала свою работу в 1920 году, с момента открытия Кубанского государственного университета, в составе которого был образован медицинский факультет. Организатором и первым руководителем кафедры был назначен профессор Рубашкин Владимир Яковлевич – выдающийся гистолог, известный своими работами по морфогенезу половой, нервной систем и кроветворению, одним из первых описавший экстрагонадное происхождение половых клеток млекопитающих.
В 1921 году, спустя год после открытия Кубанского государственного университета, его медицинский факультет был преобразован в самостоятельный Кубанский государственный медицинский институт (КГМИ), и заведующим кафедрой гистологии с эмбриологией был назначен профессор Лаховский Петр Яковлевич, многое сделавший для расширения кафедры и оборудованной при ней лаборатории, впоследствии переехавший в город Пермь и став с 1933 года заведующим кафедрой гистологии, эмбриологии и цитологии Пермского государственного медицинского института. В этот период кафедра занималась преимущественно изучением морфологии и функциональной работы красного костного мозга и лимфатических узлов.
В 1933 году Петр Яковлевич пригласил из Перми доцента Рогозину Марию Степановну для заведования кафедрой вместо себя. В этот период на кафедре началась активная научно-исследовательская работа в области сравнительной гистологии пищеварительного тракта и органов чувств, которая продлилась вплоть до ноября 1941 года – времени первой эвакуации КГМИ в г. Ереван Армянской ССР во время Великой Отечественной войны.
Во время Великой Отечественной войны, когда КГМИ претерпел две эвакуации – первую в г. Ереван Армянской ССР, вторую в г. Тюмень, временно исполняющими обязанности заведующего кафедрой были доцент Березенцева Галина Федоровна (первая эвакуация) и профессор Дурицын Федор Андреевич (со времени второй эвакуации в ноябре 1943 года). Главной задачей кафедры на данном этапе истории являлась подготовка будущих врачебных кадров для госпиталей фронта и тыла.
После окончания Великой Отечественной войны руководителем кафедры остается профессор Дурицын Федор Андреевич, являвшийся представителем ростовской школы гистологов, и заведовавший кафедрой вплоть до своей смерти в 1951 году, обеспечивавший непрерывную качественную подготовку будущих врачебных кадров в послевоенное время и восстановивший довоенный уровень научного потенциала и материально-технического оснащения.
После смерти профессора Дурицына на должность заведующего кафедрой была вновь назначена доцент Березенцева Галина Федоровна, уже исполнявшая данные обязанности во время первой эвакуации университета (в г. Ереван), и отныне заведовавшая кафедрой в течение 10 лет вплоть до выхода на пенсию в 1961 году. В данное десятилетие кафедра активно занималась вопросами репаративного миогистогенеза в сотрудничестве с ростовской школой гистологов благодаря связям, созданным проф. Дурицыным. В библиотеке КубГМУ можно найти большое количество трудов представителей как краснодарской, так и ростовской школы гистологов послевоенных лет.
С 1961 по 1990 год кафедрой заведует профессор Шубич Моисей Григорьевич – основоположник гистохимического направления в исследовании биополимеров и ферментов. В этот период кафедра активно занимается (1) изучением цитохимии нейтрофильных гранулоцитов в норме и патологии и (2) изучением влияния факторов космического полета на морфологию органов пищеварительной системы (эксперименты, проводившиеся на биологических спутниках «Космос-605» и «Космос-690»). Так, доцентом Евглевским Андреем Александровичем и профессором Могильной Галиной Михайловной было написано множество трудов по гистохимии нейтрофильных гранулоцитов, а результаты изучения пищеварительной системы животных, экспонированных на спутниках серии «Космос», были включены в приоритетные отечественные публикации по космической биологии.
С 1990 по 2023 год кафедрой заведовала профессор Могильная Галина Михайловна, ученица проф. Шубича. На данном этапе развития кафедра продолжала заниматься изучением морфологии и иммуногистохимии органов пищеварительной системы, а также патоморфологией нейтрофильных гранулоцитов (1990-е и 2000-е годы). С 2010-х годов на кафедре начались исследования в области изучения матки при аденомиозе (эндометриозе), изучения морфологии дермы и эпидермиса при имплантации филлеров на основе микросфер гидроксиаппатита кальция, а также процессов репаративного гистогенеза термических ран.
С 2023 года заведующим кафедрой является Веревкин Александр Александрович. В настоящий момент научно-исследовательская деятельность кафедры направлена на изучение влияния природных алкалоидов на нормальный и репаративный гистогенез соединительных тканей.